미국의 작은 시골 마을, 고등학교 수업이 진행되는 어느 날 뇌우를 동반한 정체 모를 대규모 붉은 폭풍이 마을을 덮친다. 자동차며 전봇대며 모든 물건들을 빨아 올려 붕괴시켜 버리는 엄청난 파괴력을 가진 그 폭풍이 결국 대도시까지 초토화시키자 전국은 방송과 통신이 두절되고 사망자가 속출하게 된다. 한편 매건과 친구 윌이 과학 박람회에 출품한 발명품을 관심 있게 보던 입자 물리학자는 그것이 거대 폭풍을 잠재울 유일한 열쇠임을 알아차리고 그 아이들을 만나러 찾아온다. 그러나 전기를 동반한 퍼펙트 스톰으로 인해 비행기는 추락하고 사람들은 하나씩 죽어가는데 두 학생이 만든 작은 기계가 세상을 구할 수 있을 것인가?
