돌연변이 거북이 미켈란젤로, 도나텔로, 레오나르도, 라파엘은 우연히 자신들을 돌연변이로 만든 원료를 알아내고, 그 원료를 찾기 위해 한 연구소에 잠입한다. 그러나 죽은 줄 알았던 더풋의 두목 슈레더가 다시 나타나 닌자 거북이들이 찾던 원료를 가지고 사라진다. 슈레더가 원료를 가져간 진짜 목적은 또 다른 돌연변이를 만들어 닌자 거북이를 없애려는 것이다. 결국 슈레더는 괴물 돌연변이 구구와 루루를 만드는 데 성공한다. 과연 새로운 돌연변이 괴물들은 슈레더를 도와 닌자 거북이들을 없앨 수 있을까.
