평화로운 라이트시티, 공찬과 친구들은 학교 앞에서 미니공룡을 팔고 있는 정체불명의 상인들을 발견한다. 그들의 정체는 사라진 줄 알았던 악당, 어부바단. 시간 여행을 할 수 있는 이들은 공룡시대의 공룡들을 미니공룡으로 만들어 데려 온 뒤, 원래 크기로 복원하여 지구를 공격할 계획을 가지고 있다. 한편, 과거로 돌아간 어부바단이 현재의 쥬라기캅스를 소멸시켜버리고
그들을 따라간 공찬 일행은 공룡시대에 갇히고 만다. 가까스로 현재에 돌아온 공찬과 친구들은 지구의 운명이 걸린 결투를 벌인다.
