시골 농장에서 삼촌과 함께 살고 있는 잭은 시장에 갔다가 한 수도사에게서 콩 몇 알을 얻는다. 수도사는 콩에 절대 물을 묻히면 안 된다고 경고한다. 그날 밤, 잭의 집으로 세찬 비바람을 피해 낯선 손님 이자벨이 찾아오는데, 바닥에 떨어졌던 콩이 빗물에 젖어 거대한 콩 줄기가 하늘로 뻗어 오른다. 이자벨은 마법의 콩 나무에 휩쓸려 하늘과 땅 사이에 존재하는 무시무시한 거인들의 세상 ‘간투아’로 사라지고 인간세계와 전설로만 전해내려오던 거인세계가 연결된다. 오래 전 추방당했던 거인들은 그들이 잃었던 땅을 되찾기 위해 지상으로 내려오려 하고 인간과 거인들의 피할 수 없는 대결이 시작된다.