블랙 레이크 야생 동물 보호구역에서는 생포한 악어를 대상으로 실험을 실시한다. 어느 날, 변형 세포 주사를 맞은 악어가 마취에서 깨어나면서 현장은 아수라장이 되고, 그 틈에 거대한 아나콘다와 전기 철책에 갇혀 있던 악어 떼들이 평화로운 클리어 레이크 지역으로 향한다. 한편, 어류 및 야생 동물 관리국의 털리는 외동딸이 클리어 레이크로 엠티를 떠난다는 연락을 받는다. 그곳에서는 악어가 여학생들을 습격하고, 곧이어 아나콘다와 악어가 맞서는 상황이 벌어지고 있다.
