여름방학 캠핑 장소를 두고 의견이 갈린 진구와 친구들은 도라에몽의 제안으로 바다 한가운데로 여행을 떠나게 된다. 도라에몽의 비밀도구 수중 버기와 적응총을 이용해 해양 생물을 만나고 바비큐를 즐기던 이들 앞에 나타난 것은 수상한 침몰선과 미스터리한 소년 엘. 한편 신비로운 해저 도시 무대륙의 사람들은 육지인을 경계해 좀처럼 마음을 열지 않는데, 설상가상으로 수수께끼의 귀암성이 활동을 시작하며 육지와 바다 모두 거대한 위협에 휩싸이고 만다. 소중한 우정을 가슴에 품은 친구들의, 지구의 운명을 건 환상적인 모험이 지금 시작된다.
